劇情概要
馬林與考羅爾是一對熱戀中的小丑魚——牠們正在期待牠們的孩子孵化。一切是美好的，直到一隻殘酷的梭魚殺死了考羅爾，吞下了牠們的小魚，並留下了驚惶失措的馬林與一顆小蛋。這顆孤零零的蛋叫尼莫，很快地就孵了出來，然後這隻小小的小丑魚長大了，準備上學。但是馬林心裡仍存有梭魚攻擊的陰影，所以不願放手讓尼莫遨遊在藍海中。「外頭很危險。」牠不斷地對尼莫說。讓馬林更緊張的是，尼莫不像其他的魚，生下來時鰭就是比別人短，牠的父親怕尼莫因為這個缺陷而遭遇不測。
不管你願不願意，時間總是有自己的辦法不斷地前進。有一天，馬林對尼莫的擔心稍為緩和一些，於是牠帶著尼莫上學。生活是平順的，直到尼莫陷入同儕的壓力，而違背了不能游到空曠海域的叮嚀，並被一個潛水員給抓走。尼莫發現牠困在澳洲雪梨市裡一所牙醫診所的水族箱裡。著急如焚的馬林決定走向天涯海角，要把尼莫找回。
馬林準備好啟程時，遇見了有短暫記憶問題的朵莉——朵莉這個問題，從頭到尾給這部電影帶來了許多的笑料。雖然朵莉常常帶來麻煩，但她快樂且心地善良。做為一個永遠的朋友，不管遇到任何危險，朵莉一直與馬林長相左右，何況她還識字。馬林找到了當初捉走尼莫的潛水員所遺落的蛙鏡，而上面寫著潛水員的住址，朵莉這項識字技能也派上了用場。
牠們的旅程充滿許多危險。首先，牠們遇上了兩隻鯊魚——這兩隻鯊魚宣稱正在吃素，但其中有條鯊魚舊癮復發，製造了不少緊張的鏡頭。戰爭留下的地雷突然爆炸，也讓人緊張。馬林忽略了一些「在地人」的忠告，而陷入水母與深海魚類的危險。而其他生物就比較友善與樂於幫忙，像身為衝浪高手的花花公子海龜，牠把受到水母毒液痳痹的馬林救了回來。
同時，水族箱裡的魚擔心著尼莫的生命，因為牙醫師想把尼莫送給他的外甥當禮物，而這位外甥則對魚非常粗暴。最後透過魚群幫忙，擬定了一個完善的逃離計畫，與一隻友善的鵜鶦的協助，順利地逃脫成功。
這個嘗試似乎獲得短暫的成功，但好事多磨，因為馬林誤以為尼莫已經死了，以致放棄了搜尋的行動。不過藉著其他人的幫忙，尼莫終於還是與父親團圓。在過程中每個成員都學到了團隊合作與自我奉獻的一課——也證明了不論多遠，父母都會找回自己的孩子！
親子動動腦
小技巧
1. 為幫助孩子進行思考，可依劇情重點，先提問簡單且容易回答的問題，如「尼莫被困在哪裡的水族箱裡？」等。
2. 可依年齡層及孩子回答狀況。選擇適合之「步驟一」的問題，進行提問。
3. 步驟一、二、三中，同一題號為相互呼應之延伸問題，可連續問完，或依孩子狀況 而定。
4. 「動腦四步驟」是具結構而彈性的問題設計，若孩子無法回答或不想回答時，不妨跳過，可先分享自己的想法，以帶動孩子 思考。
動腦四步驟
步驟一
問題對焦（選擇親子共同有興趣的問題，進一步討論）
1. 尼莫的父親馬林明知道有危險，但還是決定前往未知之地拯救尼莫，為什麼？
2. 你覺得幫助尼莫逃脫最大的功臣是誰？
為什麼？為何水族箱裡的魚願意幫助尼莫逃脫？
3. 為什麼馬林一開始不希望尼莫去上學呢？後來又緊緊跟著尼莫？
4. 你覺得尼莫的朋友朵莉是個什麼樣的朋友？
步驟二
經驗擴充（針對對焦的問題，進一步回想自己生活的經驗）
1. 你覺得你的父母也會這樣對你嗎？你有沒有父母不顧自己的安危、冷熱、溫飽先把你照顧好的經驗？
2. 你有沒有和人合作的經驗？一起完成工作的感受如何？
3. 你有沒有一個人走在路上很害怕的經驗？你心裡在想什麼？那時你怎麼辦？
4. 你有沒有遇過像朵莉這樣的朋友，你都怎麼對待他？
步驟三
思考連結（透過經驗的反思，決定對事情的看法以及未來的處理方式）
1. 遇到困難時，你覺得第一個會幫助你的人誰？你會向爸媽求救嗎？為什麼？
2. 如果你害怕一個人做事的時候，你覺得要怎麼處理比較好？
3. 如果爸媽管你很嚴很緊，而且讓你覺得不舒服時，你會怎麼跟他反應？
步驟四
精心發現（從整部電影中，找到印象深刻、以及具有啟發性的重點）＊尼莫父子在團圓的過程中遇到好多的困難，為什麼都可以順利解決？
親子共玩
父母對孩子的愛
父母為了拯救孩子，會用盡各種辦法。本片提供了一個範例：馬林決定投身未知的危險中，以便救出牠的孩子尼莫。
玩一場迷捉迷藏的遊戲。（也許你想要限定的室內，以及講好哪個地方不能躲。）認真的找每一個角落，就算你知道孩子躲在哪裡。
當你找到每一個孩子之後，問他們：「你想我會放棄尋找你們嗎？」（不，好父母永遠不會放棄孩子。）
發現魚
找一本關於魚或海洋的書，或者上網找，幫助孩子從圖片中學習辨認至少十種有顏色的魚。帶孩子到水族店，或是海洋館去，看看在那十種魚裡，他們可以找到並辨識多少種。如果你的家庭決定要有自己的水族箱，最好盡可能地先瞭解魚類的需求，以便將牠們照顧好。
活動中的魚
找些有顏色的魚的圖片，當作示範。準備厚紙片、剪刀、顏料與其他美術用品，以及釘書機、針線。每個人選擇一種魚，把兩張紙疊在一起，畫出魚的輪廓，剪下輪廓（小的孩子可能需要幫忙）。把碎紙片或棉花球塞在兩片魚的輪廓裡，然後釘上釘書機，或是縫起來。讓每個人為他自己做的魚上色，再用不同長度的線綁起來，一起綁在一根棍子上，再把棍子掛在天花板上。
其他有趣的事
馬林與尼莫的魚種是小丑魚。當《海底總動員》上映後，全世界的小丑魚銷售暴增。